백남준 아트센터의 건축설계는 2003년 430여명이 참여한 국제 공모전에서 유니온 오브 인터네셔널 아티스트(UIA)의 추천을 받았다. 이 공모전에서 대상을 차지한 젊은 독일 건축가인 크리스텐 쉐멜과 독일 베를린 KSMS 쉐멜 스탄코빅 건축사무소의 마리나 스탄코빅(Marina Stankovic)과 공동으로 디자인 하였다. 아트센터의 특징은 여러 겹으로 만들어진 거울들이며 전시실, 비디오 보관실, 다목적 공간 등으로 이루어져 있다. 백남준아트센터는 총 5,600 sqm (60,300sft)의 규모이며, 지상 3층과 지하 2층으로 구성되어 있다. 2008년 4월 30일에 완공식과 함께 대중에게 처음 공개되었다.